История посёлка началась с 1942 года, когда 25 августа была открыта станция Кулой Северо-Печорской железной дороги. Железную дорогу строили политзаключённые. Только в Кулое было четыре «зоны» и в посёлке Кулойского совхоза пятая — женская.
Условия работы были очень тяжёлыми. Печи топили сами, чернила разогревали на чугунной печке и писали телеграммы на макулатуре или газетах, краски для морзянки делали сами, смешивая сажу с керосином. В 1944 году появились общежития барачного типа, обслуживанием стали заниматься вольнонаёмные, но дисциплина оставалась военная. Люди жили и работали в тяжелейших условиях. Детей и стариков в то время в Кулое не было. Лишь в августе 1944 года открылись первые ясли и первый класс школы.
20 марта 1945 указом президиума Верховного Совета РСФСР населённый пункт Кулой отнесён к категории рабочих посёлков с образованием его поселкового совета. После окончания Великой Отечественной войны в посёлке стали строиться дома, столовые и магазины.
В 2004 году недалеко от верхне-усть-кулойской деревни Прилук (в 7 км от Кулоя) было обнаружено лесное кладбище политзаключённых, узников Севдвинлага. Хоронили на нём людей, умерших в лазарете, который располагался в трёх километрах от кладбищ
